甘肃省教育科学研究院的前身是甘肃省中小学教材编写组，后为甘肃省教育厅教育教学研究室。1984年，正式成立甘肃省教科所,作为教育厅直属事业单位。2018年,经甘肃省机构编制委员会办公室批准,更名为甘肃省教育科学研究院。

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